O objetivo do artigo foi mensurar os fatores de risco referentes ao manejo sanitário e a produção entre cabras leiteiras sob sistema orgânico e convencional. Dois grupos experimentais (orgânico e convencional) foram conduzidos simultaneamente. O desenho do estudo foi o inteiramente casualizado. O rebanho orgânico consistiu de 25 cabras e 15 cabritos e o sistema convencional por 40 cabras e 20 cabritos. Os parâmetros produtivos e sanitários foram monitorados entre janeiro de 2007 a dezembro de 2009. No sistema convencional, houve uma taxa de aborto de 5% (2/40), enquanto que no sistema orgânico nenhum aborto foi diagnosticado (0/25). A taxa de mortalidade ao desmame no sistema convencional foi de 5% (2/40) e no sistema orgânico foi de 8% (2/25). A produção de leite média diária por cabra no rebanho leiteiro orgânico (2,20 kg/dia) foi mais baixa do que a do rebanho convencional (2,66 kg/dia). Os resultados indicaram que as cabras e cabritos mantidos em fazenda orgânica (386±104 e 900±204, respectivamente) apresentaram maiores valores de OPG (p <0,05) do que aqueles mantidos em fazenda convencional (245±132 e 634±212, respectivamente). O valor médio de OPG nos animais jovens foi superior (P<0,001) ao dos animais adultos. A utilização de antiparasitário foi significativamente maior no sistema convencional (50%) quando comparado ao sistema orgânico (1.3%).2013