A Encefalopatia Espongiforme Bovina (EEB) é uma zoonose que faz parte do grupo das Encefalopatias Espongiformes Transmissíveis (EETs). O agente etiológico é denominado de príon scrapie (PrPSc), que é uma proteína anormal. A proteína normal é a príon celular (PrPC), sintetizada a partir do gene prnp. Uma das mudanças que ocorrem no gene prnp em bovinos é a inserção e/ou deleção (indel) de sequências de bases, que podem ter um impacto sobre a formação da príon e, portanto, sobre a suscetibilidade ou resistência à EEB. Neste estudo, objetivou-se genotipar a variabilidade de nucleotídeos de 12 e 23 pares de bases (pb) indel em regiões específicas do íntron 1 e região promotora, respectivamente, no gene prnp bovino da raça Caracu, para posterior indicação de animais geneticamente suscetíveis ou resistentes à EEB. Foi realizada a extração de DNA genômico de sangue e sêmen de 27 reprodutores da raça Caracu com baixo ou nenhum grau de parentesco. As regiões alvo do gene prnp foram amplificadas pela PCR, utilizando-se primers específicos, e submetidas à eletroforese em gel de agarose a 3 % para realização da genotipagem. Os produtos das PCRs foram purificados e sequenciados. Na análise do gel, os animais apresentaram os genótipos ins/del (um alelo com inserção e o outro com deleção de pb, sendo heterozigoto), del/del (deleção nos dois alelos, sendo homozigotos), ins/ins (inserção nos dois alelos, sendo também homozigotos). No sequenciamento, confirmaram-se os polimorfismos nas regiões estudadas. Os animais apresentaram alta frequência alélica característica de resistência à EEB para as duas regiões polimórficas estudadas. A frequência do haplótipo e diplótipo característicos de resistência foi de 48 % e 41 %, respectivamente. Estes resultados são de grande importância para a seleção de reprodutores com perfil genético de resistência, pois animais com esta característica poderão ser inseridos em programas de melhoramento animal.2009