Tesis
Desarrollo de un sistema para tipificación de polimorfismos de nucleótido simple (snps) en el gen HIF-2a involucrados en la respuesta adaptativa a hipoxia por altura mediante Snapshot multiplex
Fecha
2017Registro en:
Ruano Chávez, M. M. (2017). Desarrollo de un sistema para tipificación de polimorfismos de nucleótido simple (snps) en el gen hif-2? involucrados en la respuesta adaptativa a hipoxia por altura mediante Snapshot® multiplex. (Tesis de pregrado). Universidad de las Américas, Quito.
UDLA-EC-TIB-2017-13
Autor
Ruano Chávez, Miguel Mateo
Institución
Resumen
El Factor Inducible por Hipoxia 2-α (HIF2-α) es el principal gen involucrado en la adaptación del organismo a condiciones de hipoxia. Este gen codifica para la segunda isoforma de la subunidad alfa del factor transcripcional HIF, que regula la expresión de más de 100 genes asociados a rutas metabólicas dependientes de oxígeno. SNPs en el gen HIF2-α, que afectan a la proteína (HIF2-α), se han relacionado con la regulación de la angiogénesis vascular, viscosidad de la sangre y proliferación de hepatocitos, desarrollo de células pancreáticas y placentarias; en enfermedades como isquemia retinal, hipertensión arterial y pulmonar e incluso procesos oncogénicos, como melanoma. La importancia de estudiar SNPs radica en que, dependiendo de su ubicación, tienen profundas implicaciones en el organismo. El método Gold Standard para la determinación de SNPs es la secuenciación fluoromarcada por el método Sanger. Sin embargo, tipificar SNPs por este método implica considerable inversión de dinero, tiempo e insumos, puesto que requiere secuenciar ambas hebras del fragmento de ADN. Con el objeto de superar estos inconvenientes, se propuso la tecnología SNaPshot®, que posibilita la genotipificación de hasta 20 SNPs, incluso en diferentes cromosomas, en una sola reacción de PCR Multiplex y corrida de electroforesis capilar. Es por esta razón que el principal objetivo del proyecto fue desarrollar el primer protocolo de tipificación que utilice el sistema SNaPshot® en el Ecuador, empleando como objeto de estudio el gen HIF2-α. Para cumplir con los objetivos del presente trabajo se diseñó un sistema basado en SNaPshot® para tipificar siete SNPs en el gen HIF2-α, mediante un par de primers y una sonda por SNP. De este modo, se usaron los ADN control comercial 9948M, 9947A, K562, C007, en base a los cuales se ajustaron las condiciones de la PCR y del juego de reactivos SNaPshot® Multiplex, finalmente, los resultados se validaron con el método Gold Standard. En base a la validación y al análisis de costos realizado, se concluyó que el sistema SNaPshot® Multiplex tiene la misma sensibilidad y especificidad que el método Gold Standard, pero es sumamente más económico, rápido y sencillo de implementarlo en el país.