Uma aplicação para automação de experimentos de docagem molecular

Abstract

O PEDS pode ser utilizado nas atividades de pesquisa bem como no ensino de modelagem molecular sendo suficientemente flexível para ser integrado a outros programas de docagem molecular. O Preparation and Execution of Docking Simulation (PEDS), é auxiliar na preparação de um conjunto de moléculas obtidas do banco de dados ZINC, posicionando automaticamente os candidatos a ligantes em áreas determinadas pelo especialista, usando um conjunto de resíduos informados para calculo de coordenadas, e com base nestas informações, prepara os scripts de processamento e executa a docagem molecular utilizando o AutoDock 3. 0. 5. O PEDS foi validado utilizando-se o receptor InhA em duas conformações (1ENY e 1BVR), sempre com uma estrutura de referência e dois ligantes, o TCL e a ETH. Foi possível verificar que a docagem molecular colocou o ligante próximo ao sítio ativo, partindo da posição calculada pelo PEDS. O PEDS pode ser aprimorado para utilização de outros formatos de arquivos de entrada e saída, sendo seu código fonte disponível para distribuição.

PEDS can be used in research activities and in the teaching of molecular modeling, being enough flexible to be integrated to other software of molecular docking. The preparation and Execution of Docking Simulation (PEDS), is auxiliary tool in preparation of a set of molecules obtained from the ZINC database, automatically positioning the ligand candidate in a region determined by the specialist using the residues of the ligand candidate to calculate the coordinates to move it to. Based on this information, PEDS can prepare scripts e execute the molecular docking to run with AutoDock 3. 0. 5. PEDS was validated using InhA as receptor in two conformations, (1ENY e 1BVR), always with same structure as reference and two ligands, TCL and ETH. It was possible to verify that molecular docking moved the ligand near to active site of receptor, using the position calculated by PEDS. PEDS can be enhanced to use another input and output file formats, having its code available for free distribution.