Para la caracterización molecular de las cepas de Staphylococcus meticilino resistente (SMR), se colectaron 59 cepas SMR aisladas en el Laboratorio de Bacteriología del SAHUAPA, en un período de siete meses (enero a julio 2007). Se obtuvieron 50 cepas resistentes a meticilina, sin duplicado, 21 S. aureus y 29 Staphylococcus coagulasa positiva (SCN). Se les realizó perfil de susceptibilidad a los antimicrobianos, PCR múltiple, a las cepas positivas para mecA, se les determinó la concentración mínima inhibitoria (CMI). S. aureus reportó 20 cepas resistentes a oxacilina y cefoxitina y 27 cepas de SCN resistentes a oxacilina y a cefoxitina, correlacionándose la presencia del gen mecA con el número de cepas resistentes a oxacilina y a cefoxitina solo en S. aureus; algunas discordancias fueron observadas en cepas de SCN, presentó una cepa sensible a oxacilina y cefoxitina, con mecA positivo y 7 cepas que reportaban resistencia a meticilina pero con ausencia del gen mecA. En el caso de las cepas de Staphylococcus que fueron resistentes a meticilina, pero sin gen mecA, resultaron ser cepas hiperproductoras de betalactamasas o con PBP constitutivas mutadas. Las cepas de Staphylococcus presentaron multirresistencia a eritromicina, clindamicina y susceptibilidad intermedia a teicoplanina y vancomicina y una cepa de S. aureus resultó resistentes a vancomicina. La mayoría de Staphylococcus se ubicaron como SCCmec tipo I y IV, siendo el primero el clon arcaico y el IV el clon comunitario, sin embargo, en pocos casos de S. aureus y en la mayoría de los SCN no se logró determinar, necesitándose otros oligonucleótidos para determinar los subtipos de los SCCmec. Las cepas que presentaron gen mecA, para la CMI a oxacilina, las cepas 1-8, 11, 13 y 17 de S. aureus y las 5, 10, 11, 16, 18, 27 y 28 se ubicaron en clase 4 con homorresistencia; las cepas 9, 14, 15, 16, 18, 19 y 20 de S. aureus y 4, 9 y 19 SCN se ubicaron en clase 3 con heterorresistencia con altos niveles de resistencia; las cepas 3, 15 y 29 de SCN en clase 2 heterorresistentes; mientras que la 21 de S. aureus y las 1, 3, 6, 7, 14, 20, 22, 24 y 26 en clase 1 heterorresistentes pero con bajo niveles de resistencia. Las penicilinas resistentes a penicilinasas siguen siendo la primera opción terapéutica en las infecciones ocasionadas por Staphylococcus en los diferentes servicios del SAHUAPA, porque el porcentaje de cepas SMR no fue tan elevado.