Las micotoxinas son metabolitos secundarios sintetizados por hongos filamentosos, siendo las aflatoxinas y ocratoxina A, las que ocasionan daños con mayor frecuencia al hombre. El objetivo del presente trabajo fue evaluar el efecto inhibitorio del extracto de Thymus vulgaris (Tomillo) sobre la concentración de aflatoxinas y ocratoxina A, producidas por Aspergillus flavus y Aspergillus ochraceus; para lo cual se prepararon suspensiones de conidios de los microorganismos en estudio y extractos etanólicos de la planta Thymus vulgaris. Posteriormente, al extracto obtenido se le determinó la actividad antifúngica, concentración mínima inhibitoria (CMI) y, por último, la actividad antimicotoxigénica, a través del método de ELISA. Los resultados obtenidos de la actividad antifúngica del extracto de Thymus vulgaris sobre Aspergillus flavus fue un promedio de halos de inhibición de 31,00 mm, mientras que para Aspergillus ochrceus el promedio fue de 36,00 mm. La CMI del extracto fue de 47,50 mg/ml para A. flavus y de 23,75 mg/ml para A. ochraceus. Al evaluar la actividad antimicotoxigénica del extracto de Thymus vulgaris, se observó que las concentraciones de las aflatoxinas totales de 5,00; 14,00 y 45,00 μg/kg, disminuyeron en un 85,60%, 71,31% y 84,84%, respectivamente. Las concentraciones de ocratoxina A de 5,00; 10,00 y 40,00 μg/kg, descendieron en un 64,50%, 79,62% y 92,80%, respectivamente. Se concluyó que el extracto de Thymus vulgaris posee actividad antifúngica sobre Aspergillus flavus y Aspergillus ochraceus, del mismo modo, presenta actividad antimicotoxigénica sobre las micotoxinas sintetizadas por estos hongos contaminantes de alimentos.