La taxonomía se define como el estudio teórico de la clasificación incluyendo sus bases, principios, procedimientos y reglas, cuyo objetivo es organizar la información biológica utilizando diferentes métodos como son el feneticismo, el cladismo, taxonomía evolutiva, etc. En algunos casos para realizar una asignación taxonómica confiable es necesario la integración de varios métodos de identificación, uno de estos casos son los estadios tempranos de vida como las larvas de peces. El objetivo de este trabajo es llevar a cabo la identificación taxonómica de larvas de peces con características externas sutiles (o difíciles de diferenciar), mediante técnicas morfológicas (fenetismo) y moleculares (taxonomía evolutiva); y discernir cuando se requiere de una u otra técnica, o cuando de una combinación de ambas para una identificación precisa de la especie. En el presente estudio se analizaron larvas de peces del género Bothus y Sparisoma del Golfo de México. Se identificó a los especímenes hasta el nivel taxonómico más alto, con el uso de guías de identificación del Atlántico. Se corroboró la identificación morfológica por medio del uso de los marcadores moleculares 16S y COI. Se realizaron cuadros de distancia genéticas y árboles filogenéticos de 16S y COI. Para la región V9 del 18S, se realizaron árboles filogenéticos con secuencias de peces de diferentes órdenes, para determinar la resolución del marcador. Con la identificación morfológica se logró la discriminación hasta el nivel de género de especímenes del grupo Sparisoma y para Bothus se logró la discriminación a nivel de especie. Con el uso de los marcadores moleculares se complementó la identificación de especímenes de Sparisoma, dando la información necesaria para discriminar a cuatro especies de Sparisoma. Para las larvas de Bothus sólo un organismo fue identificado como B. ocellatus y el resto basado en sus secuencias se identificaron como B. robinsi. Se observó que la información existente en las guías de identificación no es suficiente para realizar una discriminación al nivel de especie en Sparisoma y que no permite discriminar entre B. ocellatus y B. robinsi. Los marcadores moleculares 16S y COI fueron eficientes en la discriminación a nivel de especie. Sin embargo, los resultados muestran que la región V9 del 18S, no logró una resolución eficiente para la identificación de pecesThe taxonomy is defined as the theoerical study of biological classification that organizes the information using phenetics, cladistics, evolution taxonomy, etc. In some cases, is necessary to integrate multiple identification techniques to achieve a successful taxonomy assignment, a clear example is the identification of fish larvae. The goal of this research is to carry out the taxonomy identification of fish larvae with subtle characteristics, using morphological techniques (phenetics) and molecular techniques (evolution taxonomy); and determine when is necessary to use one technique or a combination of them for a successfully species identification. Bothus and Sparisoma larvae from the Gulf of Mexico were analyzed. The larvae were identified to the highest taxonomy level using identification guides of the Atlantic. The morphological identification was corroborated by molecular identification using genetic markers (16S and COI). Phylogenetic trees and genetic distance were calculated for 16S and COI sequences. The resolution of the 18S rRNA V9 region was determined with phylogenetic trees constructed with larvae sequences from differentes orders. The morphology allowed identification to genus level for Sparisoma and especie level for Bothus. The molecular approach allowed the identification to specie level for four species of Sparisoma. The morphological and molecular identification of B. ocellatus was corroborated only in one organism, while the other larvae was identified as B. robinsi. This study concluded that the information in the identification guides is no enough to discriminate species from Sparisoma genus, or to differentiate between B. ocellatus and B. robinsi. The molecular markers 16S and COI were successfully able to identify larver to species level. The results for the 18 rRNA región V9 show that this marker is no table to achieve enough resolution to identify and assign species