Los humedales de Baja California Sur han sido escasamente estudiados, a pesar de ser sistemas que albergan fauna y flora relicta. Estas especies pueden cohabitar en las áreas de matorral xérofilo. Por su parte, las comunidades desérticas albergan una fauna de arácnidos muy diversa y abundante, específicamente, las arañas del suelo que son dominantes en estos ambientes, contribuyen al flujo energético dentro de las redes tróficas (Polis, 1991). En este estudio se revisaron un total de 1825 ejemplares, de los cuales 988 se colectaron en San Isidro y 837 en San José. Se determinaron un total de 21 géneros, que comprenden 29 especies presentes en ambos humedales, de las cuales ocho se proponen como nuevas especies. 14 especies son endémicas de la península de Baja California y 12 de Baja California Sur e islas aledañas. La familia Gnaphosidae presentó la mayor riqueza con 16 especies. Las familias más abundantes fueron Caponiidae (422 ejemplares) y Gnaphosidae (417 ejemplares), que representan 23.2% y 22.8% respectivamente. Ambos humedales compartieron 21 especies y de acuerdo al índice comparativo de Jaccard, la tasa de recambio fue del 28%. El índice equidad de Pielou los ubican como comunidades con alto grado de equidad, ya que se obtuvieron valores de 0.78 para San Isidro-La Purísima y 0.82 para San José de Comondú. El índice de Shannon indica que presentaron diversidades disímiles, pues los valores estimados de 2.55 para San Isidro-La Purísima y de 2.63 para San José de Comondú fueron estadísticamente diferentes con un 95% de confianza. Dichas diferencias se deben a la diversidad de microhábitats que pudieron ocupar las diferentes especies, proporcionados por la fisonomía de los humedales, la textura del suelo y vegetación circundante; aunado a la abundancia de cada una de ellas. En el análisis taxonómico se elaboraron claves taxonómicas a nivel de familia, género y especie, así mismo, se incluyen diagnosis de cada taxón y hábitat donde se recolectó.Despite low humidity from low seasonal precipitation, desert areas possess diverse and abundant arachnologic fauna, with species of mesic origins, relicts of previous climatologic conditions, or introduced recently. They provide high value to oases. Soil spiders are very important to deserts ecosystems because they play an important role in the energy flow of the food webs (Polis, 1991), and are dominant in these environments (Muma, 1981; Weeks and Holtzer, 2000). In a survey and collection of 1825 spiders (988 in San Isidro-La Purísima, 837 in San José de Comondú) 21 genera with 29 species were identified, eight were new to science and two were endemic species for the Baja California Peninsula and three for Baja California Sur and islands. Gnaphosidae was the richest family (16 species). Overall, the most common families were Caponiidae (422 specimens, 23.2%) and Gnaphosidae (417 specimens, 22.8%). The most abundant families at San Isidro-La Purísima were Caponiidae (24%) and Miturgidae (21%). In the mesic zone, Lycosidae (36%) and Caponiidae (22%) were most common, and in the xeric zone, Oonopidae (27%) and Caponiidae (26%) were most numerous. In the San Jose de Comondú oasis, Lycosidae (30%) and Gnaphosidae (26%) were most common in the mesic zone, and Caponiidae (25%) and Gnaphosidae (36%) preferred the xeric zone. A taxonomic key for wandering spiders, including diagnostics and descriptions of the habitats of all spider species are provided.