La microbiota asociada a moluscos ostreidos importantes en la producción acuícola de México es prácticamente desconocida. Sin embargo, es muy importante para la salud y la nutrición de los ostiones porque cumple, entre otros, una función primordial como barrera protectora contra la colonización por patógenos. La generación de nuevo conocimiento sobre la microbiota es substancial para el desarrollo económicamente rentable y ambientalmente sostenible de la ostricultura. En la presente investigación se determinó la composición de la microbiota procariota asociada a Crassostrea corteziensis, C. sikamea y C. gigas. Se estudió su variación en semillas producidas en laboratorio (ambiente controlado) y una vez trasplantadas para su engorda en campo, se estudiaron los cambios de la microbiota asociada a juveniles y adultos cultivados en dos sitios diferentes. Se extrajo el ADN del tracto gastrointestinal (TGI) de organismos sanos (depurados y no depurados), se amplificó por PCR el gen 16S ARNr y se estudió la variación de la comunidad bacteriana asociada por comparación de los perfiles de la Longitud de Fragmentos de Restricción Polimórficos (RFLP). La comunidad bacteriana y arquea se determinó mediante pirosecuenciación del gen 16S ARNr (PyroS) y análisis estadístico de Componentes Principales (PCA). Mediante RFLP, PyroS y PCA, se estableció la composición de la microbiota en las semillas de las tres especies de ostión presenta una gran similitud en cuanto a composición bacteriana y es más diversa que en adultos. Una vez que la semilla fue trasplantada, su microbiota asociada sufrió alteraciones. Los resultados de RFLP y PCA indican que la microbiota presentó variaciones entre juveniles y adultos y se observaron claras diferencias en la comunidad bacteriana asociada a C. corteziensis y C. sikamea, cuando fueron engordadas en sitios distintos. Mediante la PyroS se detectaron 11 Phylum, de los cuales, Proteobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria y Firmicutes son los principales componentes en las tres especies de ostreidos. Se detectaron 77 géneros bacterianos y arqueas de los géneros Haloarcula y Halobacterium. A pesar de las diferencias encontradas, existen bacterias simbiontes como Burkholderia y Escherichia/Shigella, que colonizan en etapas tempranas del desarrollo (larvas, semillas), y se mantienen fuertemente asociadas al TGI en etapas posteriores (juvenil y adulto), la cual no se ve afectada por las condiciones ambientales o de manejo en el sitio de engorda.The microbiota associated with oyster important in the commercial production of Mexico is largely unknown. However, it is very important to the health and nutrition of oysters because it meets, among others, a major role as a protective barrier against colonization by pathogens. New knowledge generation on the microbiota is substantial for developing economically viable and environmentally sustainable oyster culture. In the present study we determined the composition of the prokaryotic microbiota associated with Crassostrea corteziensis, C. sikamea and C. gigas. We studied the variation in seed produced in the hatchery (controlled environment) and once transplanted for grow-out in the field, we studied the changes of the microbiota associated with juvenile and adults at two different grow-out sites. DNA was extracted from the gastrointestinal tract (GIT) of healthy organisms (depurated and not depurated) was amplified by PCR and 16S rRNA gene was studied variation associated bacterial community by comparing the profiles of Restriction Fragment Length polymorphism (RFLP). The bacterial community and arch was determined by 16S rRNA gene pyrosequencing (Pyro) and principal component statistical analysis (PCA). By RFLP, Pyros and PCA, the microbiota in the seeds of the three species of oyster had great similarity in bacterial composition and was more diverse than in adults. Once the seed was transplanted, their associated microbiota was altered. The results of RFLP and PCA indicate that the microbiota showed variations between juvenile and adult and observed clear differences in the bacterial community associated with C. corteziensis and C. sikamea when grow-out at different sites. By Pyros, 11 Phylum were detected, of which, Proteobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria and Firmicutes are the main components in the three species of oysters. We detected 77 bacterial genera and two Achaea genera: Haloarcula and Halobacterium. Despite the differences, there were bacterial symbionts as Burkholderia and Escherichia / Shigella, which colonize in early developmental stages (larvae, seeds), and remain strongly associated with TGI at later stages (juvenile and adult), which is not affected by environmental conditions or management in the grow-out cultivation site.