"La nutrigenómica es un área de investigación novedosa enfocada al estudio de la interacción de los compuestos bioactivos de los alimentos con las células del organismo. El amaranto es un alimento funcional que contiene flavonoides y biopéptidos con propiedades benéficas para la salud de los consumidores. La rutina es un flavonol descrito como el fitoquímico de mayor poder antioxidante, además tiene la capacidad de inhibir el desarrollo de cáncer. El lunasin de amaranto es capaz de inhibir la formación de focos cancerosos en células NIH3T3 cuando son químicamente transformadas con el agente carcinogénico 3-metilcolantreno (3-MCA). Sin embargo, las respuestas celulares del 3-MCA y la acción de los compuestos bioactivos son muy poco conocidas. La transformación maligna de fibroblastos NIH3T3 y el efecto de tratamientos con rutina, lunasin y rutina/lunasin fueron analizados empleando las herramientas de la proteómica comparativa. Las proteínas celulares fueron separadas en geles de dos dimensiones, los patrones 2-DE fueron comparados y las proteínas diferenciales fueron caracterizadas por espectrometría de masas. Se identificaron 29 proteínas diferencialmente expresadas. El tratamiento con rutina afecto mayormente a proteínas citoplásmaticas como por ejemplo se observó un aumento de la expresión del inhibidor Rho de disociación GDP2 y la disminución de la expresión de la proteína 1 del complejo T. La acción de lunasin se vio reflejada en cambios en proteínas nucleares. Entre las proteínas que incrementaron su expresión se identificó la Histona H1.2 y la prelamina A/C isoforma A. Además, se encontró que proteínas como la citoqueratina 10 y la ribonucleoproteína heterogénea nuclear Q incrementaron su expresión por el efecto del 3-MCA, sin embargo, su expresión fue regulada con los tratamientos de rutina y lunasin. El empleo de técnicas como la electroforesis bidimensional y la espectrometría de masas permitieron analizar los efectos de compuestos bioactivos sobre un modelo de cultivo celular transformado químicamente. Esto permitió identificar posibles nuevos blancos moleculares para los tratamientos dirigidos contra el cáncer.""Nutrigenomics is a novel research area focused on the study of the interaction of bioactive food with the cells of the body. Amaranth is a functional food rich in flavonoids and biopeptides that provide benefits to the health of the consumers. Rutin is a flavonol describe as the phytochemical with the most powerful antioxidant properties, also has the ability to inhibit cancer development. There are evidences that peptides like- lunasin can inhibit the foci formation on NIH3T3 induced by 3-methylcholanthrene (3-MCA). However, the cellular response of 3-MCA and the protective action of bioactive compounds is poorly known. Malignant transformation of NIH3T3 fibroblast and the effect of the treatment with rutin, lunasin, and rutin/lunasin were analyzed using the tools of comparative proteomics. Cellular proteins were separated on two-dimension gels. 2-DE patterns were compared and differential proteins were characterized by mass spectrometry. We identified 29 differentially expressed proteins. Rutin treatments affects mostly cytoplasmic proteins were the over-expression of Rho GDP-dissociation inhibitor 2 was observed while the T-complex protein 1 was down-regulated. Lunasin action was reflected in changes in nuclear proteins. Among the over-expressed proteins was identified the Histone H1.2 and prelamin A/C isoform A. In addition, it was observed that proteins such as cytokeratin 10 and heterogeneous nuclear ribonucleoprotein were over-expressed by the effect of 3-MCA, however, its expression was controlled by rutin and lunasin´s treatments. The use of techniques such as two-dimensional electrophoresis and mass spectrometry let identified effects of bioactive compounds on a cell culture model of chemically transformed. This will let the identification of potential new molecular targets that could be used as target therapies against cancer."