La perspectiva científica dominante expresada en las disciplinas ha sido puesta a discusión al surgir otras propuestas metodológicas, epistémicas y teóricas en las nociones de <<complejidad>> y <<transdisciplina>> que, en los últimos años han ganado espacio en la docencia e investigación en los contextos universitario y mundial. Este trabajo muestra la base filosófica de la ciencia moderna en el pensamiento cartesiano y su paradigma del mecanismo –aún vigente–, para contrastar la emergencia de esas posturas que se le oponen y se identifican con las teorías de la complejidad y una práctica de investigación: la transdisciplinariedad, que podría constituirse en un conocimiento mayor emergente en nuestras universidades.259-270sloreto79@yahoo.comgonzalezlop.sergio@gmail.comThe mainstream scientific view expressed in the disciplines has been made to arise other methodological discussion, epistemic and theoretical perspectives on notions of <<complexity>> and <<transdiscipline>> in recent years have gained ground at the university level and global, teaching and research. This work shows the philosophical basis of modern science in the Cartesian thinking and paradigm-even force- mechanism to contrast the emergence of those positions that oppose it and identify with the theories of complexity and practical research: transdisciplinarity, that could be one greater knowledge emerging in our universities.