Este trabalho apresenta o desenvolvimento de um sistema Web voltado à modelagem molecular tridimensional (3D) que emprega a tecnologia de Realidade Aumentada (RA), auxiliando na compreensão de modelos moleculares e, simultaneamente, criando um repositório digital. Para a realização da pesquisa, utilizou- se um método composto por cinco etapas: pesquisa bibliográfica referente aos tópicos condizentes com o sistema; análise e teste das ferramentas computacionais utilizadas; modelagem; desenvolvimento; e aplicação do sistema juntamente aos usuários. Como resultado parcial, observou-se a viabilidade da aplicação do sistema Web para modelagem molecular 3D como recurso inovador de ensino voltado à democratização da informação biotecnológica em rede.