Este artigo analisa as possibilidades de uma aprendizagem significativa em uma proposta para o Ensino da Biologia, mais especificamente da molécula de DNA, com a mediação das ferramentas da modelagem molecular, bastante utilizadas na Química, mas que podem ser também transpostas para a compreensão de macromoléculas de interesse biológico. A proposta foi desenvolvida com estudantes de uma escola pública que frequentavam atividades complementares de contra turno. No decorrer das atividades desenvolvidas verificou-se uma maior compreensão da estrutura e da função do DNA quando se trabalha com a mediação das ferramentas de modelagem molecular e que, outras propostas, para o ensino podem ser desenvolvidas, aproveitando esses recursos tecnológicos disponíveis.