Neste artigo, apresentamos o significativo processo de trocas culturais que se deu entre indígenas e missionários jesuítas na América meridional, nos séculos XVII e XVIII, com destaque para os saberes relativos às plantas medicinais e às práticas curativas. A análise das Cartas Ânuas da Província Jesuítica do Paraguai e da obra Materia Medica Misionera, escrita pelo irmão jesuíta Pedro de Montenegro em 1710, revelou o importante papel desempenhado por informantes, enfermeiros e copistas indígenas, tanto na identificação, coleta e experimentalismos com plantas nativas, quanto na difusão e circulação dos conhecimentos médicos sistematizados pelos missionários da Companhia de Jesus.