Objetivo: caracterizar e analisar os mecanismos de controle em relações interorganizacionais na integração entre o ensino e o serviço de saúde, vinculado ao Programa Pró-Saúde, junto aos docentes e enfermeiros assistenciais de Centros de Saúde de Florianópolis.Método: abordagem qualitativa, estudo de caso único. Foram feitas 16 entrevistas semiestruturadas no segundo semestre de 2012, em oito Centros de Saúde, nos quais alunos de enfermagem realizam atividades práticas e estágios em atenção primária. A análise foi de conteúdo, comparando-se as respostas dos dois segmentos.Resultados: identificadas três categorias: Caracterização dos mecanismos de controle; Influências dos mecanismos de controle; e Sugestões de aperfeiçoamento dos mecanismos de controle na integração ensino-serviço de saúde.Conclusão: quanto maior for o entendimento sobre o controle da integração ensino e serviço, melhor será a gestão da cooperação interorganizacional e maior será a repercussão na assistência destinada ao usuário.Palavras-chave: Educação em enfermagem. Serviços de integração docente-assistencial. Atenção primária à saude.