Estudo exploratório, tendo como referência a abordagem qualitativa, que objetivou identificar as dificuldades vivenciadas pelo apoiador matricial em sua prática na Atenção Básica em Saúde. O cenário do estudo foram seis unidades de saúde da família localizadas em um dos cinco Distritos Sanitários de João Pessoa-PB. A coleta de informações foi realizada no período de agosto a setembro de 2010, por meio de entrevistas semidirigidas, de que participaram dez profissionais que atuavam como apoiadores matriciais. De acordo com as falas, as dificuldades enfrentadas relacionam-se ao desconhecimento de alguns profissionais da equipe de saúde a respeito da função de apoiador matricial na Atenção Básica em Saúde; à falta de autonomia e à sobrecarga administrativa. Nesse sentido, sugere-se que haja um processo de reflexão sobre o trabalho do apoiador matricial com a equipe de saúde, no intuito de conhecerem melhor possíveis contribuições desse profissional à reorganização do processo de trabalho da equipe de atenção básica.