Introdução: A paracoccidioidomicose (PCM) é uma micose sistêmica endêmica causada pelo fungo Paracoccidioides spp. O objetivo deste estudo foi determinar a associação entre tuberculose (TB) e PCM em pacientes com exame micológico negativo.Métodos: Estudo prospectivo de diagnóstico molecular de amostras de escarro, com resultado positivo para bacilo álcool ácido resistente (BAAR) e negativo no exame direto e cultivo micológico.Resultados: A aplicação de técnicas moleculares resultou em 18,4% de pacientes coinfectados com PCM e TB. Conclusão: O conhecimento das diferenças clínicas, epidemiológicas e laboratoriais da PCM quando associada à TB é importante para prevenir a disseminação da doença, complicações e o aumento da letalidade.  Palavras-chave: Paracoccidioidomicose; tuberculose; diagnóstico molecular