Entamoeba histolytica e Giardia lamblia são protozoários que podem parasitar a mucosa intestinal, causando principalmente diarreia. Trichomonas vaginalis coloniza a mucosa vaginal causando tricomonose, a doença sexualmente transmissível não viral mais comum no mundo. Embora coletivamente estes parasitos infectem mais de um bilhão de pessoas a cada ano, seus mecanismos de patogenicidade ainda não estão totalmente esclarecidos. Assim, esta revisão reúne os principais mecanismos envolvidos na patogenicidade destes protozoários, bem como os fatores do microambiente que podem interferir no sucesso da colonização. A patogênese da E. histolytica envolve adesão, lise, fagocitose de células epiteliais e bactérias, invasão tecidual por ação de enzimas e evasão da resposta imune do hospedeiro. A lectina Gal/GalNAc, os amebaporos e as cisteína proteases são as principais moléculas envolvidas nesses processos. O estabelecimento da giardiose depende de diversos mecanismos patogênicos e de virulência desenvolvidos pela G. lamblia, tais como as moléculas envolvidas na adesão, encistamento e variação antigênica. Para o sucesso da colonização da mucosa vaginal, o T. vaginalis expressa moléculas como as adesinas de superfície, lipofosfoglicanos e galectina, envolvidas na adesão às células epiteliais vaginais e alteração da expressão gênica, tanto do parasito como do hospedeiro.