A produção da soja é uma atividade de grande expressão no conjunto do agronegócio brasileiro, a qual proporciona ao Brasil ocupar o segundo lugar em produção no contexto mundial. Este trabalho tem como objetivo apresentar um comparativo de custos de produção entre a Cultura da Soja Convencional e da Soja Transgênica no Estado do Rio Grande do Sul, na Safra 2002/2003, assim como avaliar a excelente produtividade ocorrida nessa safra. A análise envolve os aspectos da produção da soja. Para isso, comentam-se a relevância da gestão de custos e a importância de suas informações, decisivas à tomada de decisão. Demonstram-se os resultados obtidos através de métodos de análise de custos. Verifica-se a necessidade de maiores pesquisas, de novos estudos, uma vez que aspectos polêmicos e ainda pouco conhecidos envolvem o tema.The production of the soy is an activity of great expression in the group of the brazilian agrobusiness, which intends to get Brazil in the second place in world´s production. This work´s objective is to present a comparison of production costs between the Culture of Conventional Soy and the Transgenic Soy in the State of Rio Grande do Sul, in the Crop 2002/2003, as well as evaluating the excellent productivity in this harvest. The analysis involves aspects of soy production. In that sense, it comments the relevance of cost management and the importance of its information, decisive to decision making. It demonstrates the results obtained through methods of cost analysis. The need of larger researches and more studies is noted, once controversial aspects and little acquaintances still involve the theme.