TCC(graduação) - Universidade Federal de Santa Catarina. Centro de Ciências Biológicas. Biologia.Apesar dos recentes avanços em genética de populações e filogenética de orquídeas, a demanda por novos marcadores moleculares ainda é alta. Orquídeas sapatinhos-de-vênus (Cypripedioideae) são exemplo de um grupo em que os atuais marcadores moleculares são insuficientes para distinguir espécies que divergiram recentemente e especificar identidade taxonômica e origem de material ilegalmente comercializado. No presente estudo, têve-se como objetivo obter o máximo de sequências do genoma do cloroplasto (cpDNA) de espécimes de orquídeas, possibilitando a detecção de novos marcadores moleculares para a subfamília. Foram processados dados de sequenciamento genômico de três orquídeas sapatinhos-de-vênus: Cypripedium calceolus, Phragmipedium longifolium e Paphiopedilum barbatum. As amostras foram previamente sequenciadas por autores distintos, utilizando-se de três técnicas diferentes, Illumina HiSeq 2000 e Roche 454 Next Generation Sequencing (NGS) e Sanger First Generation Sequencing (FGS). Material vegetal fresco e de herbário foram utilizados. A montagem do genoma do cloroplasto (cpDNA) foi realizada com o uso de diferentes pipelines de bioinformática, destacando-se o software Iterative Organelle Genome Assembly (IOGA). Sequências do cpDNA de material vegetal fresco e de herbário foram obtidas e análise comparativa foi realizada. Um total de 29 marcadores filogenéticos e 54 marcadores de genética de populações foram detectados. Os métodos de sequenciamento genômico e de bioinformática utilizados neste trabalho fornecem novo escopo para rápida detecção de novos marcadores moleculares a baixos custos, tanto para material fresco como de herbário.