This research was carried out at the Center for Research and Development of South American Camelids - Lachoc, located at 4680 m.s.n.m. In the province and region of Huancavelica, in order to determine which of the sources of DNA extraction: hair follicles and blood, a greater quantity and quality of the DNA in Vicugna pacos "Alpacas" is obtained. 19 alpacas were randomly selected per treatment and samples were taken from a piece of skin with hair follicles and 2 ml of blood extracted from the jugular vein. The molecular analysis was carried out in the Biotechnology Laboratory of the National University of Huancavelica. The SPSS software version 21 was used to establish the statistical parameters and the Student's t test. The DNA quantity had an average of 38.8 ± 19.4 for hair follicle (T1) and 9.0 ± 2, 1 ng / μl for blood (T2), with highly significant statistical differences (p ≤ 0.01) being calculated between the means of both treatments. DNA. The bility in alpacas blood had an average of 1,818 ± 0,057 for T1 and 1,849 ± 0,112 nm for T2, with no statistically significant differences (p> 0.05) between the two treatments. For DNA integrity, better results were obtained with the blood extraction method, which presented 58% of non-fragmented bands, while samples of the hair follicle extraction method presented 37% of bands with fragmentation.La presente investigación se llevó a cabo en el Centro de Investigación y Desarrollo de Camélidos Sudamericanos – Lachoc, ubicado a 4680 m.s.n.m. en la provincia y región de Huancavelica, con el objetivo de determinar cuál de las fuentes de extracción de ADN: folículos pilosos y sangre, se obtiene una mayor cantidad y calidad del ADN en Vicugna pacos “Alpacas”. Se seleccionaron aleatoriamente 19 alpacas por tratamiento y se tomaron muestras de un trozo de piel con folículos pilosos y 2 ml de sangre extraído de la vena yugular. El análisis molecular se realizó en el Laboratorio de biotecnología de la Universidad Nacional de Huancavelica. Para el establecimiento de los parámetros estadísticos y la prueba de T de Student se utilizó el software SPSS versión 21. La cantidad de ADN, tuvo una media de 38,8 ± 19,4 para folículo piloso (T1) y 9,0 ± 2,1 ng/μl, para sangre (T2), calculándose diferencias estadísticas altamente significativas (p ≤ 0,01) entre las medias de ambos tratamientos. La pureza del ADN en sangre de alpacas, tuvo una media de 1,818 ± 0,057 para el T1 y 1,849 ± 0,112 nm, para el T2, no estableciéndose diferencias estadísticas significativas (p>0.05) entre las medias ambos tratamientos. Para la integridad del ADN, se obtuvo mejores resultados con el método de extracción en sangre, que presento un 58 % de bandas no fragmentadas, mientras que las muestras del método de extracción con folículos pilosos, presento un 37% de bandas con fragmentación.Tesis