La presente investigación estuvo orientada a evaluar la calidad higiénico-sanitaria de Merluccius gayi peruanus “merluza” durante su procesamiento en la obtención de filetes para exportación en una planta pesquera de la ciudad de Paita. Se realizó un estudio de microorganismos indicadores y patógenos a lo largo del proceso; para lo cual, se recolectó un total de 60 muestras de Merluccius gayi peruanus “merluza” durante la recepción, fileteo, seleccionado y envasado de los filetes. Se investigó bacterias aerobias mesófilas viables (BAMV), coliformes totales y S. aureus; observándose que los promedios de los recuentos obtenidos de bacterias aerobias mesófilas y los coliformes totales incrementan desde la recepción hasta el envasado del producto final. Por el contrario no se detectó Staphylococcus aureus en ninguna de las muestras.