Populations of metabolites of low molecular weight in lipids, amino acids, peptides, nucleic acids, organic acids, vitamins, thiols, carbohydrates, etc. present in food, represent final products of cellular regulatory processes and indicate the response of biological systems to a variety of genetic and environmental influences. Global analysis is a difficult challenge that involves the use of modern technical analytical and different strategies metabolomic, using for these purposes technical high performance and high quality. Not being possible to analyze all the metabolites of low molecular weight with a single analytical platform. Most of the technical analytical metabolomic found in analysis of food safety and food quality are: Gas Chromatography GC, High-Performance Liquid Chromatography HPLC, Ultra Performance Liquid Chromatography UPLC, Electrophoresis Capillary CE; coupled to Mass Spectrometry, MS and Nuclear Magnetic Resonance spectroscopy.Las poblaciones de metabolitos de bajo peso molecular en lípidos, aminoácidos, péptidos, ácidos nucleicos, ácidos orgánicos, vitaminas, tioles, carbohidratos, etc. presentes en los alimentos, representan productos finales de procesos regulatorios celulares e indican la respuesta de los sistemas biológicos a una variedad de influencias genéticas y ambientales. Su análisis global es un reto difícil que implica el uso de modernas técnicas analíticas y diferentes estrategias metabolómicas, utilizando para estos propósitos técnicas de alto rendimiento y alta calidad. No siendo posible analizar todos los metabolitos de bajo peso molecular con una sola plataforma analítica. La mayoría de las técnicas analíticas metabolómicas encontradas en análisis de alimentos, seguridad y calidad alimentaria son: Cromatografia de Gases GC (Gas Chromatography), Cromatografía Líquida de Alta Resolución HPLC (High-Performance Liquid Chromatography), Cromatografía Líquida de Ultra Perfomance UPLC (Ultra Performance Liquid Chromatography), Electrofóresis Capilar CE (Capillary Electrophoresis) acoplados a Espectrometría de Masas MS (Mass Spectrometry) y espectroscopia de Resonancia Magnética Nuclear NMR (Nuclear Magnetic Resonance).