En el presente trabajo descriptivo, transversal y retrospectivo, se determinó la prescripción de antimicrobianos en pacientes afiliados al Sistema Integral de Salud (SIS) del servicio de Neonatología del Hospital Belén de Trujillo, en el periodo Marzo 2011 – Febrero 2012, utilizando el Manual de indicadores de gestión y uso de medicamentos del SISMED. En una muestra de 357 recetas se observó que, los antimicrobianos prescritos con mayor frecuencia fueron: ampicilina (827,36%), amikacina (21,06%), vancomicina (17,48%) y cefotaxima (14,66%); los antimicrobianos con mayor prescripción fueron de 40% como valor real frente a un 30% como valor referencial basado en los indicadores del Sistema Integrado de Suministro de Medicamentos; el 90% de antimicrobianos prescritos, se encontraban incluidos en el Petitorio Nacional de Medicamentos Esenciales (PNME); sin embargo, se encontró que los antimicrobianos de uso restringido según el PNME representó el 50 % como valor real frente al 10% referencial y, se observó que los antimicrobianos prescritos con Denominación Común Internacional (DCI) fue del 100%. Se concluye que existe una utilización excesiva de antimicrobianos el cual es uno de los problemas más frecuentes en el campo de la salud debido a la prescripción incorrecta trayendo como consecuencia principal la resistencia bacteriana