A síndrome de Turner (ST) é caracterizada primariamente pelo cariótipo 45,X, mas podem ocorrer linhagens celulares incluindo o cromossomo Y. A precisa identificação do cromossomo Y nessas pacientes é de grande importância clínica devido a um aumento no risco de tumores gonadais. A alta frequência de mosaicismo na ST faz dessa síndrome um importante modelo para investigação do efeito dos polimorfismos dos genes da rota do folato como fatores de risco à não disjunção cromossômica somática. Alterações no metabolismo do folato podem promover aneuploidias por um efeito indireto sobre os padrões de metilação do DNA. Neste trabalho reportamos a frequência de mosaicismo críptico do cromossomo Y e sua associação clínica, como também a descrição de uma alteração cromossômica rara. Adicionalmente, foi investigada uma possível associação entre os polimorfismos de genes da rota do folato e o risco de não disjunção cromossômica somática na ST. A presença de mosaicismo oculto do cromossomo Y foi detectada em 2,7% dos casos, os quais mostraram genitália feminina normal sem sinais de virilização ou desenvolvimento tumoral. Assim, a busca de sequências do Y deve ser realizada na ST independente do cariótipo e/ou sinais clínicos. Não foi possível estabelecer uma associação entre os polimorfismos dos genes MTHFR, MTR, RFC1 e TYMS, independentes ou combinados, modulando o risco de não disjunção somática na ST, demostrando que polimorfismos nesses genes, envolvidos na rota do folato, podem não representar uma importante contribuição para os mecanismos de geração das aneuploidias.Turner syndrome (TS) is primarily characterized by the 45,X karyotype, but can occur cell lines including the Y-chromosome. The precise identification of Y-chromosome in TS patients is of great clinical importance due to an increased risk of gonadal tumors. The high frequency of mosaicism in TS makes this syndrome an important model to investigate the effect of genetic polymorphisms in folate pathway as risk factors to somatic non-disjunction. Changes in folate metabolism can promote aneuploidies by an indirect effect on the DNA methylation patterns. In this work was reported the frequency of Y-chromosome hidden mosaicism and its clinical association, and also described a rare chromosomal alteration. Additionally, a possible association between gene polymorphisms in folate pathway and the risk of somatic chromosome non-disjunction in TS was investigated. The presence of hidden Y chromosome mosaicism was detected in 2.7% of cases, which showed normal female genitalia without signs virilization or tumor development. Thus, the search for Y sequences should be held at TS regardless of the karyotypes and/or clinical signs. We could not establish an association between polymorphisms of MTHFR, MTR, RFC1 and TYMS genes, independent or combined, modulating the risk of somatic non-disjunction in TS, showing that polymorphisms in these genes, involved in folate metabolism, may not represent an important contribution to the generation mechanisms of aneuploidies.