Este trabalho buscou realizar uma análise comparativa do Sistema de Indicadores das Fundações Estaduais de Amparo à Pesquisa (SIFAPs), envolvendo três Fundações, no período 2010-2012, para apoio à governança pública. A concepção do SIFAPs se deu a partir de 2009, sendo lançado oficialmente em 2013, com o objetivo de estabelecer, padronizar e gerar um conjunto de variáveis e indicadores referente às atividades das Fundações Estaduais de Amparo à Pesquisa (FAPs), agências governamentais responsáveis pela distribuição de recursos financeiros no fomento ao desenvolvimento científico, tecnológico e de inovação, atuando como responsáveis pela implantação de parcela importante da política de apoio ao Sistema de Ciência, Tecnologia e Inovação. A metodologia norteadora dessa pesquisa será um estudo de caso, de caráter exploratório, com o método de abordagem descritivo, buscando conhecer a realidade de cada FAP com relação à utilização do SIFAPs. Para a coleta de dados, foram realizadas entrevistas semiestruturadas, com os responsáveis envolvidos. Com relação à governança dos dados, verifica-se o desafio das FAPs selecionadas em apresentar as variáveis em sua totalidade, gerando revisões necessárias para o devido funcionamento do SIFAPs. Conclui-se que o uso sistemático das variáveis e indicadores fornece ferramentas importantes ao aprimoramento do desempenho das FAPs, sendo característica importante de uma boa gestão, com reflexo positivo no Sistema de CT&I.FAPEAL