O Papilomavírus Humano (HPV) é um agente sexualmente transmissível que se destaca por infectar o trato anogenital, e devido à sua associação etiológica com uma grande variedade de carcinomas, encontra-se entre as mais importantes infecções sexualmente transmissíveis (IST) da atualidade. Acredita-se que a presença do vírus da imunodeficiência humana (HIV) e da Chlamydia trachomatis parecem favorecer a infectividade viral, proporcionando o surgimento de lesões que podem levar ao câncer. Desta forma, o presente trabalho teve por objetivo avaliar os genótipos do HPV presentes em amostras cervicais e anais, correlacionando com a infecção por Chlamydia trachomatis. Realizou-se um estudo incluindo 73 mulheres com idade entre 17 e 65 anos, atendidas no Hospital das Clínicas de Pernambuco (HC/UFPE) entre novembro de 2010 e fevereiro de 2013. As amostras foram obtidas e a extração do DNA foi realizada através de kits específicos. Posteriormente, os genótipos do HPV foram determinados pelo PapilloCheck® (GreinerBio-One) e a identificação da Chlamydia trachomatis por PCR em Tempo-Real. A prevalência do HPV no canal anal foi de 83,6%, estando associado com história de intercurso anal (p=0.0295) e infecção por HIV (p=0.0104). Infecção múltipla por HPV foi observada em 50,8% das pacientes, sendo o HPV44 o mais comum. Nos grupos HIV-positivo e HIV-negativo, o genótipo de alto risco mais frequente foi o HPV16, enquanto que HPV44 e o HPV43 foram os genótipos de baixo risco mais encontrados, respectivamente. A taxa de concordância entre os genótipos de HPV cervical e anal chegou a 52%. Apenas um paciente apresentou infecção por Chlamydia trachomatis em canal anal. Os resultados sugerem que o canal anal pode ter participação na infecção cervical funcionando como reservatório do vírus. Desta forma, o rastreamento dessas pacientes no serviço público de saúde pode favorecer um diagnóstico precoce, auxiliando os médicos no acompanhamento e prevenindo a evolução da infecção, principalmente em pacientes HIV-positivas.CNPq