O escopo do estudo é analisar a metodologia de cálculo do índice custo corrente por aluno equivalente, de propositura do TCU para as IFES, com os preceitos difundidos na literatura de custos. A base para fundamentação teórica são as propostas de modelos de custos para a área pública encontradas na literatura nacional. Discutemse os conceitos de custos dentro do panorama da gestão pública no Brasil e no mundo. Trata-se de uma pesquisa qualitativa, de natureza exploratória, descritiva e aplicada, e método indutivo, na qual utilizou-se pesquisa bibliográfica e documental, além de observação direta na UFPE. Os dados foram coletados a partir de trabalhos acadêmicos que apresentam propostas de sistemas de custos possíveis de serem aplicadas na área pública, documentos legais que regulamentam a metodologia do índice estudado e a opinião dos responsáveis pela elaboração do índice na UFPE. A análise comparativa entre estes fatores evidenciou que a metodologia imposta às IFES pelo TCU não evidencia adequadamente a realidade de custos destas instituições. Por fim, foram sugeridas neste estudo possibilidades de adequação da metodologia do TCU que devem ser testadas em pesquisas futuras.