As lagoas de estabilização são ambientes propícios ao desenvolvimento de cianobactérias, que potencialmente podem produzir toxinas e causar problemas de saúde a seres humanos e animais. Neste estudo avaliou-se a comunidade fitoplânctonica em uma estação de tratamento de esgotos, composta por reatores UASB, lagoa de polimento e filtros biológicos percoladores, no município de Rio Formoso. As coletas foram realizadas em 2011, durante seis meses, em dois horários (14h e 2h), com avaliação dos parâmetros físico-químicos, biológicos, climáticos e toxinas. Os resultados médios obtidos revelaram que a eficiência do tratamento é satisfatórias na remoção de DQO (84,5%), NTK (54,5%) e nitrogênio amoniacal (43,8%). Os valores de pH e oxigênio dissolvido na lagoa foram mais elevados na superfície às 14h, devido a influência das maiores temperatura e da atividade das algas no epilíminio. A análise de fitoplâncton constatou maior densidade (entre 3,89 x 107 cel/mL e 5,22 x 106 cel/mL), na superfície da lagoa às 14h. A espécie Oscillatoria limosa foi dominante em todos os meses de coleta. Contudo, no mês de junho houve uma mudança na composição da comunidade, com aumento da representatividade de Euglena sp. e Merismopedia tenuissima, provavelmente pelo aumento do nitrogênio amoniacal na lagoa. Após o tratamento nos filtros, ocorreu uma remoção significativa de algas (entre 90 e 99%), exceto no mês de junho (11%), possivelmente pela dominância de Euglena sp.e M.tenuissima. Não foi detectada a presença de microcistinas através dos métodos de HPLC e LC-MS.CNPq e FACEPE