Los pueblos siempre han estado relacionados con los humedales para su supervivencia, todas las civilizaciones se han desarrollado alrededor de los humedales, áreas de inmenso valor en términos biológicos, económicos y de calidad de vida. Es importante tener en cuenta que los humedales juegan un papel importante dentro de la remoción, tanto de materia orgánica (MO), como de patógenos de las aguas residuales, ya que del contenido de estos depende su reutilización. En la remoción de materia orgánica muchos de los humedales son bastante eficientes, caso que no ocurre de igual manera con la remoción de patógenos. Tanto en América Latina como en Colombia es deficiente el desarrollo de sistemas de tratamiento, ya que no existen suficientes estudios que permitan establecer parámetros de diseño para sistemas de tratamiento que operen en condiciones tropicales. En el presente trabajo se evaluó la remoción de microorganismos patógenos en aguas residuales domésticas utilizando humedales construidos de flujo subsuperficial horizontal y vertical. Los sistemas de tratamiento fueron conformados por dos unidades cada uno: 1) Humedal Horizontal – Humedal Horizontal (H-H), 2) Humedal Vertical – Humedal Vertical (V-V) y 3) Humedal Vertical – Humedal Horizontal (V-H), los cuales fueron alimentados con agua residual doméstica cruda proveniente de la Planta de Tratamiento de la Universidad Tecnológica de Pereira. Cada una de las combinaciones se trabajó con plantas y sin plantas, para un total de seis sistemas de tratamiento de aguas residuales domésticas. Los resultados obtenidos del siguiente trabajo permiten concluir que bajo las condiciones climáticas de la ciudad de Pereira (altitud 1.411 msnm, temperatura media de 22°C y precipitación media anual 2.750 mm)1 el uso de dos unidades de humedales construidos bajo la configuración flujo vertical - flujo horizontal operan de la mejor manera presentando altas tasas de remoción y permiten que el efluente tratado cumpla con los estándares establecidos para reutilización, teniendo gran importancia también los humedales plantados de configuración flujo vertical – flujo vertical.The people have always been related to wetlands for their survival, all civilizations have developed around wetlands, areas of immense value in biological, economic and quality of life. Is important to note that wetlands play an important role in the removal of both organic matter (OM), as sewage pathogens, since the contents of these depends reuse. The removal of organic matter many of the wetlands are quite efficient, if that does not happen the same way with the removal of pathogens. In Latin America and in Colombia is poor development of treatment systems because there are not enough studies to establish design parameters for treatment systems operating in tropical conditions. In this study we evaluated the removal of pathogens in domestic wastewater using subsurface flow constructed wetlands horizontal and vertical. Treatment systems were comprised of two units each: 1) Horizontal Wetland - Wetland Horizontal (HH), 2) Vertical Wetland - Wetland Vertical (VV) and 3) Vertical Wetland - Wetland Horizontal (VH), which were fed raw domestic wastewater from the treatment plant Pereira Technological University. Each of the combinations was worked with plants without plants, for a total of six systems for domestic wastewater. The results of the present work allow us to conclude that under the climatic conditions of the city of Pereira (altitude 1.411 meters above sea level, average temperature of 22 ° C and average annual precipitation 2.750 mm) using two units constructed wetlands under the vertical flow configuration - horizontal flow operate in the best way by presenting high removal rates and allow the treated effluent meets the standards established for reuse, taking also important wetlands planted vertical flow configuration – vertical flow.