Esta pesquisa descreve o desenvolvimento de uma metodologia de Análise de Risco para o âmbito da preservação e manutenção da informação digital. Seu objetivo é trazer para o campo da preservação digital questões teóricas e metodológicas para o estudo das vulnerabilidades dos novos modelos de comunicação científica, representados aqui pelos Repositórios Institucionais. Com vistas a quantificar e qualificar riscos e ameaças concernentes à preservação da memória científica em meio digital, foi realizadoum estudo exploratório nos Repositórios Institucionais implementados, desde 2009, pelo programa IBICT/FINEP nas principais instituições de ensino e pesquisa do Brasil. Optou-se por uma pesquisa qualitativa e exploratória apoiada em um referencial teórico, que descreveu as práticas vigentes de preservação digital e ofereceu base teórico-metodológica necessária ao uso e aplicação dos métodos de análise de risco. A pesquisa apresenta o escopo das análises de risco no ambiente dos repositórios institucionais e também alguns elementos de reflexão que demonstram a vulnerabilidade destes estoques face aos riscos provenientes das transformações tecnológicas que marcam a atual Sociedade da Informação. Apoiados nos resultados levantados nesta pesquisa, conclui-se que a cultura de preservação digital para a produção científica no Brasil ainda é uma questão incipiente no ambiente dos repositórios institucionais. Outra conclusão é que muitos dos problemas e riscos que envolvem estes repositórios são aqueles dependentes diretamente da interferência humana e de políticas de preservação digital. Para se avançar sobre esses limites, considera-se necessário o desenvolvimento de novas propostas integradoras do nível teórico-metodológico nos campos da análise de riscos e da preservação digital, de forma que estabeleçam um meio de seguro contra perdas da informação digital.