A criptosporidiose tem se destacado como um problema de saúde pública e animal. A associação de casos da doença na população humana com a presença de Cryptosporidium spp. spp. em águas de consumo ou de recreação tem motivado a pesquisa do parasito no ambiente aquático. Este estudo objetivou a detecção de oocistos de Cryptosporidium spp. em águas superficiais na Região Metropolitana de Recife. A técnica de centrífugo- flutuação com solução saturada de cloreto de sódio foi usada para recuperação experimental de oocistos de Cryptosporidium spp.. Oocistos foram pesquisados em mananciais e no sistema de tratamento (água bruta e tratada) através da filtração das amostras em membrana, sendo identificados, sem prévia purificação, pelos métodos de coloração Kinyoun e imunofluorescência direta (IFD) associada ao 4 6 - Diamidino-2-Phenylindole (DAPI), analisando-se amostras durante 12 meses, nos períodos seco (Setembro à Fevereiro) e chuvoso (Março à Agosto). A qualidade da água foi avaliada através dos parâmetros microbiológicos (coliformes totais e fecais) e físicoquímicos (turbidez, pH). A técnica de PCR foi realizada para a pesquisa de oocistos de Cryptosporidium spp. de origem fecal a partir dos iniciadores gênero e espécie específicos, CPB-DIAGF/CPB-DIAGH e HB-1/HB-2, sendo o DNA extraído com proteinase K e solução de lise sob congelamento/descongelamento. Os resultados mostraram que a técnica de purificação garantiu um material mais limpo, porém o percentual de recuperação de oocistos variou de 39,0% a 98,4%. Na água tratada não se verificou a presença de oocistos de Cryptosporidium spp., enquanto nas amostras de água bruta foram encontradas estruturas álcool-ácido resistentes similares aos oocistos de Cryptosporidium spp. em 100% (05/05) dos locais e em 40% (24/60) das amostras analisadas pelo método Kinyoun, sendo a presença do parasito confirmada pela técnica IFD/DAPI em 40% (02/05) dos locais e em 5% (03/60) das amostras, com o número variando de 16 a 40 oocistos/l, e verificando sua ocorrência no período seco e chuvoso. Todas as amostras encontraram-se dentro dos limites microbiológicos e físico-químicos padrões, exceto no parâmetro turbidez. Os produtos de PCR foram obtidos apenas com o uso dos primers CPB-DIAGF/CPB-DIAGR, sendo o melhor perfil de amplificação observado quando 105 oocistos foram usados para a extração do DNA, e após o emprego dos protocolos de extração e de amplificação modificados. Conclui-se que a técnica de purificação de oocistos de Cryptosporidium spp. influencia os percentuais de recuperação. Os oocistos de Cryptosporidium spp. estão presentes em águas de rio na Região Metropolitana de Recife, sendo este o primeiro relato de Cryptosporidium spp. em mananciais de Pernambuco e do Nordeste. A técnica IFD/DAPI permite uma melhor identificação de oocistos de Cryptosporidium spp. em amostras de água, no entanto a coloração histoquímica demonstrou ser útil como uma técnica de triagem. As técnicas de extração e amplificação avaliadas neste estudo podem ser usadas para a pesquisa de Cryptosporidium spp. em amostras com elevado número de oocistos