O papillomavirus humano (HPV) é o principal causador do câncer cervical e também está associado com o desenvolvimento do câncer anal e vaginal. A vagina é um órgão que, devido a sua topografia, encontra-se em estreita relação com o colo de útero, e por isto, sujeito a infecção pelo HPV. O câncer vaginal é extremamente incomum e o de menor freqüência na mulher, em torno de 1% das neoplasias malignas do trato genital feminino. O câncer de canal anal também pode ser considerado incomum, e sua incidência na população geral atinge em torno de 1,5% dos tumores do sistema digestivo inferior e 2% a 4% entre os tumores colorretais. Apesar disso, o câncer anal vem nos últimos anos apresentando um aumento progressivo de sua incidência, principalmente no sexo feminino. Trabalhos científicos onde o canal anal seja o foco ainda são poucos, principalmente quando se refere a mulheres imunocompetentes. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi pesquisar sobre as lesões provocadas pelo HPV no canal anal de mulheres negativas para o vírus da imunodeficiência adquirida (HIV) e portadoras da neoplasia intra-epitelial cervical grau 3 (NIC3) ou vaginal grau 2 (NIVA2). Foram avaliadas 122 mulheres voluntárias, onde 114 tinham NIC3 e 08 NIVA2. No caso de detecção de lesão anuscópica pelo exame de anuscópia de magnificação, realizou-se biópsia do tecido anal para diagnóstico histológico e análise molecular para o HPV. Os resultados histológicos do canal anal mostraram a neoplasia intra-epitelial grau 1 (NIA1) em 20,2%, NIA2/3 9,5% e a presença do HPV em 9,4% das amostras. A análise molecular destas amostras foi positiva em 12,2%, 5,4% e 6,8% respectivamente; enquanto nas amostras de NIC3 e NIVA2 obtivemos 27,2% e 75% de positividade. Tais dados sugerem que o HPV seja responsável pelas lesões prémalignas do canal anal, cervical e vaginal possivelmente pela circulação viral nestas regiões