Foram isolados de folhas desinfetadas de rabo-de-macaco (Lonchocarpus guilleminianus) 36 microrganismos endofíticos, sendo 12 bactérias (9 Gramnegativas e 3 Gram-positivas) e 24 fungos filamentosos. No ensaio primário em Bloco de Gelose as 12 bactérias endofíticas não apresentaram atividade antimicrobiana, enquanto 10 (27,8%) fungos endofíticos foram ativos para Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Candida albicans, Candida spp. (isolados de pacientes imunodeprimidos) e Aspergillus niger. Os 10 fungos com atividade antimicrobiana neste ensaio primário foram testados em 3 diferentes meios (MPE, M1 E SAB) e selecionado o melhor meio tempo de fermentação. Da fermentação dos 10 fungos endofíticos testados, 9 mostraram halo de inibição variando de 7 a 29mm para S. aureus, B.subtilis, E. coli, A. niger e Candida spp. (URM 720, URM 2224, URM 4224 e URM 4249). Dentre os meios utilizados, o meio MPE revelou-se o melhor para a produção de metabólitos bioativos. O fungo endofítico RM-23 apresentou halo de inibição de 29mm para Candida sp. (URM 4249) com 24 horas de fermentação no meio MPE. A variabilidade genética dos fungos endofíticos do gênero Colletotrichum sp. foi realizada através da técnica PCR-RAPD a qual gerou 2 grupos distintos com cerca de 20% de fragmentos comuns entre eles