O Brasil ocupa mundialmente a terceira posição na produção de mamona (Ricinus communis L.). Embora existam muitos estudos moleculares voltados às proteínas expressas nas sementes, não existem até o momento análises com marcadores moleculares avaliando a diversidade genética dessa espécie. O presente trabalho estudou a variabilidade genética de 16 genótipos de populações subespontâneas de mamona adquiridas através de coletas em quatro diferentes localidades de Pernambuco e em duas outras regiões do Brasil, comparando-as a acessos cultivados de quatro outros países. Para isso a metodologia de DAF (DNA amplification Fingerprinting) foi utilizada, permitindo a geração de em média 14 bandas por primer, sendo 10,72 polimórficas, a partir de 11 primers. Para a construção da matriz de dados 143 bandas foram analisadas, perfazendo 2.288 caracteres. A análise filogenética de máxima parsimônia revelou uma diversidade genética significativa, entre genótipos da mesma população, considerando os diferentes pontos de coleta no Brasil, bem como comparativamente com acessos cultivados no exterior. O estudo confirma a variabilidade sugerida pelos melhoristas para as populações subespontâneas de mamona e demonstra a eficiência deste tipo de marcador para estudos de caracterização de germoplasma desta importante cultura vegetal.