Este trabalho trata da dinâmica de implementação do Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior (SINAES) nas universidades federais, referente à avaliação interna, tendo como objetivo a análise das políticas de avaliação institucional formulada e coordenada pelas Comissões Próprias de Avaliação (CPA). Os dados foram levantados por meio de entrevistas com os membros e responsáveis pelo desenvolvimento dos trabalhos da CPA em duas Universidades Federais situadas na região Nordeste do Brasil. Também foram levantados documentos pertinentes juntos as IFES e a legislação do SINAES. Para o tratamento dos dados, foi empregada a análise de conteúdo. Partimos do pressuposto de que as indefinições acerca da dinâmica de implementação do SINAES têm dificultado a adoção de uma concepção de avaliação mais próxima de seus princípios e pressupostos teóricometodológicos descritos na sua formulação e legislação. A análise dos dados revelam que o SINAES, por meio de sua dinâmica de implementação, não tem conseguido instituir a prática da avaliação sistêmica baseada no paradigma subjetivista, distanciando a implementação de seus princípios e proposições. Apontamos para a necessidade de haver uma reflexão atenta sobre o processo de participação, os resultados alcançados e o impacto dos trabalhos da CPA nas IFES, para o aprimoramento do processo de auto-avaliação no contexto da dinâmica da implementação do SINAES. Concluímos que a falta de familiaridade com a teoria e a prática da avaliação tenha favorecido não somente o descompasso conceitual, mas também o desencontro entre os objetivos propostos e as metodologias empregadas no trabalho desenvolvido pelas CPAsCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior