Os micro-organismos e as suas associações com os processos infecciosos que acometem a polpa e o periápice estão muito bem documentados na literatura endodôntica. Esta microflora bacteriana deverá ser neutralizada através do preparo biomecânico pela ação dos instrumentos endodônticos e das soluções irrigadoras, às quais devem apresentar propriedades físico-químicas e antimicrobianas. Dentre as diversas soluções irrigadoras preconizadas, destaca-se o hipoclorito de sódio, que graças à sua atividade antimicrobiana e biocompatibilidade, é a solução auxiliar de eleição para o preparo biomecânico do sistema de canais radiculares. Por outro lado, a clorexidina é utilizada como solução irrigadora apenas quando o único requisito é a atividade antimicrobiana, visto que ela não possui capacidade para dissolver o tecido pulpar. Com o objetivo de diminuir o risco de acidentes operatórios, reduzir o tempo de trabalho e a fadiga do operador e do paciente, instrumentos rotatórios em níquel -titânio foram introduzidos como uma alternativa ao preparo biomecânico, até então realizado com instrumentos manuais. Como a instrumentação rotatória é mais rápida, as soluções irrigadoras permanecem menos tempo no interior dos canais radiculares e podem não desempenhar suas atividades antimicrobianas, principalmente as de baixas concentrações. Esta pesquisa se propôs a avaliar a efetividade antimicrobiana das soluções irrigadoras à base de hipoclorito de sódio a 0,5%, 1% e 2,5% e de clorexidina a 0,2%, 1% e 2% contra os micro-organismos Pseudomonas aeruginosa, Enterococcus faecalis, Staphylococcus aureus e Candida albicans durante o preparo biomecânico de canais radiculares com o sistema rotatório ProTaper Universal. Diante dos resultados obtidos, pôde-se concluir que, o hipoclorito de sódio, a partir da concentração de 0,5%, em combinação com a instrumentação rotatória com o sistema ProTaper Universal foi efetivo em eliminar todos os micro-organismos. Por outro lado, a clorexidina a 0,2% foi ineficaz contra todos os micro-organismos avaliados, todavia, a clorexidina a 1% foi efetiva em eliminar P. aeruginosa e C. albicans, mas foi ineficaz em eliminar S. aureus e E. faecalis. A solução de clorexidina a 2% demonstrou-se eficaz frente aos microorganismos S. aureus, P. aeruginosa e C. albicans, contudo, não demonstrou capacidade para inativar o E. faecalisCoordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior