Os fungos filamentosos da ordem Mucorales são conhecidos por possuírem elevadas concentrações de ácidos graxos da família ômega 6. Neste sentido, foi investigada a produção de ácidos graxos poliinsaturados PUFAs por Cunninghamella elegans UCP 542 (Ordem Mucorales), utilizando glicerina e milhocina como substratos alternativos, visando à minimização dos custos de produção. Os estudos foram realizados empregando-se um planejamento fatorial 22, tendo como variável resposta crescimento radial e morfologia, produção de biomassa, lipídeos totais e ácidos graxos. A partir dos resultados obtidos observou-se que a glicerina e a milhocina não influenciou na estrutura morfológica da C. elegans, no entanto, estatisticamente estas fontes influenciaram no crescimento radial. O pH influenciou na produção de biomassa e de lipídeos. O ensaio 4 (7,9ml/L de glicerina, e 0,2g asparagina) e o ensaio 4 (7,9ml/L de glicerina, 0,2g asparagina e 6% de milhocina) apresentaram maior produção de biomassa (1,7g/L) e (2,5g/L) e lipídeos totais (8,0%) e (8,0%), respectivamente. A glicerina e a milhocina aumentaram a produção do ácido palmitico em 100 e 560 vezes a produção do ácido Linoléico, e reduziram a concentração do ácido Oléico e do ácido Gamalinolênico. Portanto, os rejeitos agroindustriais (glicerina e milhocina) mostraram que podem ser fontes alternativas de carbono e nitrogênio, a fim de propiciar a produção de insumos biotecnológicos de elevado valor agregados e de baixo custoFaculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco