A relação biológica de leveduras industrialmente importantes do complexo Saccharomyces sensu stricto causa equívoco na correta identificação das leveduras. Por isso, este trabalho apresenta a técnica de PCR - fingerprinting com diferentes marcadores que identificaram com eficiência as verdadeiras espécies do complexo Saccharomyces sensu stricto e indicaram os híbridos naturais isolados de processos industriais. Linhagens tipo, linhagens comerciais de vinho e leveduras isoladas de vinho artesanal foram submetidas à análise de PCR - fingerprinting usando oligonucleotídeos únicos (SPAR) e análise de restrição de genes ribossomais e estruturais. Todas as seis espécies reconhecidas do complexo Saccharomyces sensu stricto foram discriminadas e erros na taxonomia anterior das leveduras de vinho foram observados. Além disso, estes marcadores SPAR mostraram a complexidade da constituição híbrida dos isolados industriais. O uso de marcadores SPAR pode ajudar na identificação de leveduras isoladas da indústria e do meio ambiente dentre uma das seis espécies do complexo Saccharomyces sensu stricto e seus híbridos interespecíficos, e na reclassificação de linhagens depositadas em coleções de leveduras. Embora este conjunto de marcadores falhe em determinar a contribuição de parentais no processo de hibridização, pode eficientemente traçar a dispersão de leveduras híbridas que foram originadas em eventos simples de hibridização. O padrão único gerado pelos marcadores SPAR foi bastante eficiente no monitoramento da população de leveduras durante o processo de fermentação industrial e pode detectar a aproximação de leveduras híbridas em cada meio ambiente