Foi realizada a caracterização molecular de espécies de Candida isoladas de espécimens clínicos de pacientes portadores de AIDS e de portadores de Câncer atendidos em Hospitais-Escola de Maceió-Alagoas; também foi verificada a diversidade genética em níveis específicos e intraespecífico das leveduras isoladas. Foram coletadas amostras de sangue, secreção da orofaringe e urina de pacientes portadores de AIDS atendidos no setor de Infectologia do Hospital Dia HUPAA/UFAL e no Hospital Escola Dr. Hélvio Auto, como também de pacientes portadores de câncer atendidos no Setor de Oncologia do Hospital Universitário Prof. Alberto Antunes/UFAL, sendo analisado 405 amostras clínicas. Após isolamento, as leveduras foram purificadas e identificadas. Entre 135 pacientes analisados foi observada uma ocorrência de 35% de isolados de leveduras, sendo a secreção de orofaringe o espécimen clínico do qual houve prevalência (78%), seguido de urina (22%). Entre as espécies de maior ocorrência está Candida albicans (63%), seguida de C. glabrata (22%), C. guilliermondii (18%), C. parapsilosis (14%) e C. tropicalis (8%). Posteriormente, foi realizada a caracterização molecular das espécies de leveduras, pela análise dos produtos de PCR amplificados com iniciador para a região ITS do rDNA, de ISSR (GTG)5 e com iniciadores espécie-espécificos CALB1 e CALB2 para C. albicans. Os marcadores moleculares utilizados mostraram-se eficientes, reprodutíveis e auxiliaram na identificação convencional constituindo-se em ferramentas apropriadas para caracterização genética entre espécies de CandidaConselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico