El Hospital General San Juan de Dios cuenta con un Departamento de Nutrición y Dietética, responsable de brindar atención nutricional a pacientes adultos y pediátricos, internos y ambulatorios. Al ser un hospital escuela, las diferentes universidades asignan estudiantes de la carrera de nutrición como un desarrollador de salud, tanto preventivo como curativo, sino también humana, para mejorar la calidad de vida del paciente.