O objetivo do presente estudo foi verificar a influência de um programa de treinamento na relação entre indicadores de desempenho de diferentes capacidades físicas intra e inter sistema funcional e neuromuscular em diferentes momentos da temporada. Participaram do estudo 16 jovens futebolistas com idade média de 16,5 ± 0,4 anos. O estudo decorreu por 17 semanas, incluindo três momentos de avaliação (T1:1ª; T2:10ª e T3:17ª semana). Foram encontradas alta correlação entre indicadores de predominância neuromuscular (Sprints em 30m (30m) e Sprint Máximo (MaxSprint) (RAST) em T1) (r = 0,93; P ? 0,001), funcional (Média de Sprints (MidSprint) e Sprint Mínimo (MinSprint) (RAST) em T1, T2 e T3; MinSprint e Índice de Fadiga (FI) (RAST) em T3) (r = 0,95; 0,85; 0,91; -0,86; P ? 0,001, respectivamente) e entre funcional e neuromuscular (30 m e MidSprint em T1; 30 m e MinSprint em T1; MaxSprint e MidSprint em T1 e T2 e MaxSprint e MinSprint em T1) (r = 0,95; 0,93; 0,96; 0,84; 0,87; P ? 0,001, respectivamente). Os conteúdos de treinamento exerceram influência na correlação dos indicadores de rendimento nos diferentes momentos da temporada39198106