Tesis
Using ontologies to retrieve evidences from clinical notes = Usando ontologias para recuperar evidências de anotações clínicas
Usando ontologias para recuperar evidências de anotações clínicas
Registro en:
Autor
Beeck Pepper, Jan Carl, 1982-
Institución
Resumen
Orientador: Ivan Luiz Marques Ricarte Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Elétrica e de Computação Resumo: Existem muitas barreiras para o processo de tomada de decisão clínica baseada nas evidências médicas disponíveis, tais como o crescimento contínuo no volume de informações médicas científicas e a falta de tempo dos profissionais da saúde em buscar essas evidências. Essa tese apresenta uma estratégia para procurar base de evidências diretamente das notações clínicas, tais como registros eletrônicos de saúde (RES), usando ontologias para capturar específicos domínios relacionados a saúde e as características das bases evidências. Nós usamos a metodologia PRISMA para a revisão da literatura. Sendo assim, fizemos duas pesquisas, a primeira para identificar as barreiras e os facilitadores para encontrar evidências relevantes e a segunda para saber as técnicas relacionadas com a integração entre os RES e práticas baseadas em evidências (EBP). As ferramentas que usamos neste estudo foram: o Protégé: para criação de ontologias e geração do documento OWL; o banco de dados MySQL: para o armazenamento de informações brutas; e a API Jena para a criação e recuperação do documento RDF. Como prova desse conceito, duas ontologias foram definidas, uma para o domínio de asma em adulto e a outra para base de evidências. Duas bases de evidências foram usadas, sendo uma genérica (PubMed) e outra especializada (PEDro). Um cenário demonstra como é possível procurar evidências de registros de notas eletrônicas, ajudando os profissionais de saúde para receber informações relevantes enquanto cuidam de pacientes Abstract: There are many barriers to the process of making clinical decisions based on the latest available health and medical evidences, such as the continuously growing volume of health and medical scientific information and the health professionals' lack of time for searching for these evidences. This thesis presents a strategy to search evidence databases directly from clinical notes, such as those taken in electronic health records (EHRs), using ontologies to capture specific health-related domains and the characteristics of evidence databases. We used the PRISMA methodology for the literature review. Thus, we did two searches, the first one to identify the barriers and facilitators to find relevant evidences, and the second one to know the techniques proposed related with the integration between EHRs and evidence based practice (EBP). The tools that we used through the study are: Protégé for the ontology creation and generation of the OWL document, MySQL database for the storage of raw information, and the Jena API for the RDF creation and retrieval. As a proof of concept, two ontologies are defined, one for the domain of adult asthma and another for evidence databases. Two evidence databases were used, one generic (PubMed) and one specific (PEDro). A scenario demonstrates how it is possible to search for evidence from electronic records notes, helping health professionals to receive relevant information as they assist patients Mestrado Engenharia de Computação Mestre em Engenharia Elétrica CAPES