This work aimed to determine germination frequency of zygotic embryos of seeds originated from open pollinated trifoliate orange [Poncirus trifoliata (L.) Raf.], using RAPD molecular markers. Leaves and seeds of P. trifoliata were collected from five commercial nurseries and from a citrus germplasm collection. The seeds were placed to germinate in plastic tubes in a greenhouse, reaching a final sample of 62 seedlings. Nine primers were used and the band patterns generated from seedlings leaves were compared to progenitor-plant-leaf hands. It was possible to identify 3.23% of seedlings originated from zygotic embryos which is acceptable in propagation by seeds in this rootstock.O objetivo deste trabalho foi identificar a freqüência de germinação dos embriões zigóticos de sementes de trifoliata [Poncirus trifoliata (L.) Raf.] oriundas de polinização aberta, com o uso de marcador molecular RAPD. Folhas e sementes de trifoliata foram coletadas de cinco viveiros comerciais e de uma coleção experimental de citros. Essas sementes foram colocadas para germinar em tubetes e casa de vegetação, totalizando uma amostra final de 62 plântulas. Foram utilizadas nove seqüências inicializadoras e os resultados foram analisados a partir da comparação dos padrões das bandas geradas pelas plantas germinadas com os da planta matriz. Identificaram-se 3,23% de plântulas oriundas da germinação do embrião zigótico, valor que é aceitável na propagação por sementes deste porta-enxerto cítrico.167172Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)