This research intended to characterize the genetic diversity of citrus rootstocks from the Experimental Agronomic Station of the Rio Grande do Sul Federal University (EEA/UFRGS) and rootstocks collected in nurseries of the Cai River Valley - Rio Grande do Sul - Brazil. The method used was the Random Amplification of Polymorphic DNA (RAPD) markers. Leaves of nine citrus rootstocks from EEA/UFRGS and ten accesses of trifoliate orange (Poncirus trifoliata) from different nurseries were collected. With the use of nine random primers it was possible to separate the rootstocks in two main groups: one formed by Rangpur lime (Citrus limonia) and the other by trifoliate orange and its hybrids of low genetic similarity. RAPD molecular marker was very efficient for the citrus rootstock characterization and for the trifoliate orange separation from its hybrids. The technique might be used to characterize cultivars, analysis of genetic variability among progenitors in improvement breeding programs of rootstock , and identify zygotic seedlings of trifoliate orange in commercial nurseries.Este trabalho teve como objetivo caracterizar a diversidade genética, através do marcador molecular RAPD, dos porta-enxertos da Coleção de Citros da Estação Experimental Agronômica da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (EEA/UFRGS) e acessos de porta-enxertos cítricos coletados em viveiristas da Região do Vale do Rio Caí do estado do Rio Grande do Sul. Para tanto, coletaram-se folhas de nove porta-enxertos cítricos da EEA/UFRGS e de dez acessos de trifoliata (Poncirus trifoliata) de viveiristas. Com o uso de nove seqüências inicializadoras, foi possível separar os porta-enxertos cítricos em dois grupos principais, um formado pelo limoeiro Cravo e outro pelo trifoliata e seus híbridos, apresentando alta dissimilaridade genética entre os grupos. Marcadores moleculares RAPD foram eficientes para caracterizar variedades de porta-enxertos de citros e para separar o porta-enxerto P. trifoliata de seus híbridos podendo serem utilizados para caracterização de plantas matrizes, análise de variabilidade genética entre genitores em programas de melhoramento genético de porta-enxertos e para identificar a origem sexual ou nucelar de mudas de trifoliata em viveiros comerciais.14371442