El objetivo del trabajo es valorar el Trabajo Autónomo como técnica de enseñanza- aprendizaje en la asignatura Bioquímica I, en estudiantes de Biofarmacia en la Universidad Católica de Cuenca, Ecuador. Siguiendo un enfoque cuali-cuantitativo, mediante una investigación explicativa, cuasi-experimental de corte longitudinal, durante el ciclo abril-septiembre del 2015. La muestra fue de 20 estudiantes por conveniencia. Se realizó una entrevista grupal para profundizar en la dinámica de la técnica. Se comparó el nivel de asimilación alcanzado en los contenidos de Enzimas en la semana 7 y 12 del período académico. Se realizó análisis de frecuencia y estadística inferencial usando métodos no paramétricos (Prueba X2, SPSS 20.0). Se constató diferencias significativas en los niveles de asimilación para ambos momentos predominando la Reproducción. Se identificaron aspectos organizacionales y curriculares que obstaculizan un mejor resultado del Trabajo Autónomo como técnica para el aprendizaje de los estudiantes.