Objetivo: Estandarizar un protocolo de extracción de ARN enmuestras de saliva de niños. Material y métodos: A partir demuestras de saliva provenientes de 60 niños que participaron previa autorización de sus padres. Se compararon dos métodos para extracción de ARN, evaluando concentración, calidad y rendimiento; además se realizó la expresión génica del gen GUSB a través de la técnica RT-PCR (transcriptasa reversa-reacción en cadena de la polimerasa). Los datos fueron analizados mediante medidas de tendencia central y dispersión, frecuencias y porcentajes, para establecer diferencias se utilizaron las pruebas t-Student y χ2 (p <0.05). Resultados: Al analizar la cantidad de células por mL de saliva se encontró una media de 564,977.8 (DE = 246,678.6); se logró estandarizar un método de extracción de ARN en saliva de niños, específi camente el que utilizó RNeasy® Protect Saliva Mini Kit- Qiagen mostró mejores características de concentración de ARN (p = 0.0000) y rendimiento (p = 0.0000) al compararlo con el que usó QIAzol®; no existieron diferencias en la calidad del ARN (p = 0.146). Conclusión: El ARN pudo extraerse de muestras salivales de niños, por lo cual se sugiere el uso de la saliva para análisis molecular de diferentes enfermedades sistémicas y de la cavidad bucal.