Se analizaron los cambios en el tiempo de los parámetros fisicoquímicos y de los organismos planctónicos en lagunas de estabilización secundarias que trataron, experimentalmente, aguas residuales municipales con descargas de industria láctea de la región de Miahuatlán, Veracruz, México, en un sistema de reactores facultativos secundarios por lotes. Diariamente se determinaron 21 parámetros fisicoquímicos y se tomaron muestras para el análisis de clorofila a y plancton. Se identificaron dos fases: 1) una fase anaeróbica inicial, caracterizada por una alta demanda bioquímica de oxígeno, así como una alta demanda química de oxígeno, coliformes fecales y altas concentraciones de amonio; y 2) posteriormente una fase aeróbica, con todos los parámetros anteriores muy bajos, el pH ácido del principio se tornó básico, y se registraron altas concentraciones de nitratos, fosfatos y fósforo total. Las clases de algas presentes fueron Cyanophyceae, Chlorophyceae, Bacillariophyceae, Chrysophyceae y Euglenophyceae; y de protozoarios fueron Mastigohpora y Ciliata, dominaron las cianofíceas y las clorofíceas. El análisis estadístico de las relaciones entre la variación de las algas con los parámetros fisicoquímicos demostró que las especies fitoplanctónicas definieron cuatro etapas durante el experimento.