Una vez identificada la lengua papabuco se busca determinar su familia lingüística. Su clasificación genética la situa dentro de la familia zapoteco-chatina pero es independiente del zapoteco y del chatino. La fonología del papabuco está más relacionada con las variantes zapotecas que con el chatino pero según  la glotocronología está situado a la misma distancia de ambas lenguas.