El desarrollo de software utilizando métodos ágiles está en crecimiento debido a la productividad asociada a estas metodologías, además de la flexibilidad demostrada para equipos pequeños. Sin embargo, estas metodologías cuentan con debilidades claras de estimación y gestión de costos de desarrollo, al igual que los administradores de proyectos no cuentan con las suficientes evidencias para la comprobación del gasto del presupuesto en un proyecto debido a la poca documentación generada y por la falta de seguimiento en el gasto de los recursos. Se presenta una propuesta de estimación y control de costos en métodos agiles para resolver estas carencias. En este sentido, se realizó un caso de estudio en una empresa de desarrollo de software ágil utilizando la propuesta en proyectos de software de servicio (SaaS) y aplicaciones Web. En los resultados se encontró que la propuesta genera un alto grado de evidencias para los administradores de proyectos, pero presenta carencias en la administración de las evidencias para el control y toma de decisiones, lo cual dio origen a una definición de un proceso de toma de decisiones para ser aunado a la propuesta de medición.